1、將電源插頭插入220V電源插座內。將探筆插入儀器上的探筆插孔內。

　　2、將電源開關撥向開，計數池內燈亮。同時顯示窗內顯示明亮的，表示允許進行計數。

　　3、將待檢的培養皿皿底朝上放入計數池內。用探筆在培養皿底面對所有的菌落逐個點數。此時，菌落處被標上顏色，顯示窗內數字自動累加。

　　4、用放大鏡仔細檢查，確認點數無遺漏，計數即已完畢。 
　　5、顯示窗內的數字即為該培養皿內的菌落數。

　　6、記錄數字后取出培養皿。按復按鈕，顯示恢復，為另一培養皿的計數做好準備。

　　菌落計數器的注意事項：

　　1、儀器應放置在平整牢固的試驗臺上使用。

　　2、點數菌落時，探筆不要過于傾斜，輕輕點下至有彈跳感時，數字即被輸入。

　　3、儀器應防潮、防強烈震動、防直接日光曝曬、防酸堿侵蝕，用后應加防塵罩。

　　4、注意防止細菌培養物污染計數池。

　　5、儀器及探筆均不得隨意拆卸，若發現故障，應請有經驗的技術人員檢修。

　　6、儀器使用后或放置長時間后放大鏡表面會有灰塵，選用純化水稍清洗，然后用鏡頭紙擦拭干凈待用。